As mudanças trazidas pela reforma tributária começam a redesenhar a organização financeira e operacional das cooperativas agrícolas no país. As novas regras exigem atenção à gestão tributária, ao fluxo de caixa e também à adaptação tecnológica dos produtores vinculados às cooperativas. Segundo análise da advogada e especialista em agronegócio Patrícia Arantes de Paiva Medeiros, as alterações criam um ambiente que demanda planejamento e avaliação constante das operações.
Um dos pontos centrais é a criação de um regime tributário específico para cooperativas, que passa a existir de forma opcional. A escolha entre permanecer no regime geral ou aderir ao modelo específico pode impactar diretamente o fluxo de caixa e a competitividade das operações. No regime geral, a base de cálculo considera a receita bruta da cooperativa. Já no regime específico, a tributação incide apenas sobre o valor agregado pela cooperativa, com previsão de crédito presumido e estrutura mais simplificada. Ainda assim, a adesão exige análise anual, já que os resultados podem variar conforme o perfil dos cooperados. Cooperativas com grande número de produtores com faturamento inferior a R$ 3,6 milhões tendem a se beneficiar mais desse modelo.
Outra mudança relevante envolve o sistema de split payment. Atualmente, a cooperativa recebe do comprador e recolhe o imposto apenas no mês seguinte, utilizando esse intervalo como capital de giro fiscal. Com o novo mecanismo, o imposto será descontado automaticamente no momento do pagamento, antes mesmo de o valor entrar na conta da cooperativa. A alteração elimina esse espaço de capital de giro e exige maior reserva de liquidez, além de possíveis revisões em contratos e prazos com cooperados, especialmente em operações com commodities de alta rotatividade.
A digitalização das operações também avança. A partir de 2026, produtores que ainda utilizam nota fiscal em papel deverão migrar para a Nota Fiscal de Produtor Eletrônica. Nesse processo, as cooperativas passam a ter papel importante no apoio aos associados, principalmente pequenos produtores, para garantir regularidade fiscal e evitar riscos nas operações.